Po zamknięciu kombinatu celulozowego w 2013 roku okazuje się, że jest to w tym momencie jedno z największych zagrożeń dla ekosystemu. Brak oczyszczalni ścieków oraz niekontrolowany rozwój hoteli sprawiają, że delikatny ekosystem jeziora zaczyna być zagrożony, a wraz z nim wiele gatunków roślin i zwierząt. Coraz więcej osób dostrzega to zagrożenie, stąd pomysł na wprowadzenie limitacji ilości osób odwiedzających Bajkał a także opłat za pobyt.
Kolejnym zagrożeniem jest Chiński biznes turystyczny. Po aneksji Krymu przez Rosję Chińczycy dostali możliwość dzierżawy gruntów i wejścia ze swoim biznesem nad Bajkał. Spowodowało to powstanie chińskich hoteli, które obsługują chińskich turystów. Niestety sposób zwiedzania sprawia, że ludność miejscowa nie ma prawie żadnego zarobku z ich pobytów. Mają powiem swoich kierowców, przewodników, nawet jedzenie przywożone jest z Chin. Sprawia to, że miejscowa ludność wyraża swój sprzeciw i doprowadziła nawet do kontroli chińskich hoteli i zakazu funkcjonowania dla wielu z nich.